Sejalan dengan pendirian tersebut Ma’had ’Aly Hasyim Asy’ari berusaha membangun paradigma baru dengan mengembangkan berbagai ilmu pengetahuan agama maupun pengetahuan umum secara bersama sebagai kesatuan yang terpadu, dengan menempatkan al-Qur’an dan al-Hadits sebagai sumber pengembangan keilmuwan. Atas dasar paradigma baru tersebut, maka ilmu-ilmu yang dikembangkan di Ma’had ’Aly Hasyim Asy’ari adalah ilmu yang mampu membentuk pribadi mahasiswa dengan kualifikasi kelulusan sebagai ulama yang tafaqquh fi al-diin, dengan berbekal empat pilar utama yaitu: kemantapan aqidah dan kedalaman spiritual, keluhuran akhlak mahasiswa, keluasan ilmu pengetahuan dan kematangan profesional.

Pada awal pendirian Ma’had ‘Aly Hasyim Asy’ari Tebuireng menyelenggarakan program  studi takhassus Fiqh Wa Ushuluhu. Kemudian pada tahun 2016 menerima SK Penyelenggaraan Ma’had Aly dari Kementerian Agama RI dan ditetapkan untuk menyelenggarakan program studi takhassus Hadits wa Ulumuhu sampai dengan sekarang.

Ma’had ’Aly Hasyim Asy’ari berusaha membangun paradigma baru dengan mengembangkan berbagai ilmu pengetahuan agama maupun pengetahuan umum secara bersama sebagai kesatuan yang terpadu, dengan menempatkan al-Qur’an dan al-Hadits sebagai sumber pengembangan keilmuwan.

Atas dasar paradigma baru tersebut, maka ilmu-ilmu yang dikembangkan di Ma’had ’Aly Hasyim Asy’ari adalah ilmu yang mampu membentuk pribadi mahasiswa dengan kualifikasi kelulusan sebagai ulama yang tafaqquh fi al-diin, dengan berbekal empat pilar utama yaitu: kemantapan aqidah dan kedalaman spiritual, keluhuran akhlaq mahasiswa, keluasan ilmu pengetahuan dan kematangan profesional.

Adapun tujuan khususnya adalah;

1. Membentuk sarjana Islam yang berkompeten dalam  ilmu agama Islam, ahli dalam menggali serta mengembangkan nilai-nilai khasanah keislaman, terampil menerjemahkan dan berkomunikasi dalam bahasa Arab dan Inggris.
2. Mengkondisikan mahasiswa dalam suasana belajar yang dapat melahirkan ulama’ yang mampu memecahkan masalah-masalah keagamaan secara tepat sesuai dengan perkembangan zaman.
3. Menanamkan sikap dan kemampuan mahasiswa agar memiliki sifat saleh (Akhlaq al-Karimah) dan kepakaran (Ulum an-Nafi’ah)